Gestion de la littérature en revue systématique :conservez les décisions, pas seulement les PDF

Dans une revue systématique, plusieurs informations s'accumulent autour de chaque article : la recherche dont il provient, son éventuel statut de doublon, la décision du tri sur titre et résumé, la décision après lecture du texte intégral, le motif d'exclusion et — en cas d'inclusion — les données extraites et l'évaluation du risque de biais.

Une revue bien gérée est une revue où tout cet historique reste rattaché à l'article. Même si chaque PDF est au complet, la revue échoue en tant que documentation dès l'instant où cet historique se rompt.

En pratique, aucun outil ne couvre tout à lui seul. Une division du travail en trois couches fonctionne mieux.

Il y a la couche des références et des citations (Zotero, EndNote et consorts), la couche des décisions de tri (plateforme de tri dédiée ou tableur), et la couche de la lecture et des notes de décision — celle où vous ouvrez le PDF, vérifiez le contenu et consignez les raisons de votre choix. C'est cette troisième couche que l'on néglige le plus souvent.

La confusion s'installe dès qu'un même article existe en plusieurs versions : noms de fichiers différents, téléchargements en double, notices issues de bases de données distinctes.

À l'étape de la déduplication, attribuez à chaque article un identifiant unique et rattachez-y tout ce qui suit — décisions, motifs, extractions. Cela ressemble à un détail, mais si cette étape dérape, vos chiffres PRISMA cesseront eux aussi de s'additionner.

Les motifs d'exclusion au stade du texte intégral vous seront demandés plus tard, à la fois dans le manuscrit et dans le diagramme de flux PRISMA.

Un article écarté parce qu'il « ne semblait pas convenir » reviendra vous hanter quelques mois plus tard, quand il faudra justifier la décision. Au moment même où vous excluez un article, écrivez une courte ligne reliée à vos critères — « population hors de la tranche d'âge », « définition du critère de jugement non conforme ». Cette habitude vous sauvera lors de la rédaction.

Paperfy n'est ni un gestionnaire de références ni une plateforme de tri. Il se situe dans la troisième couche : la lecture et les notes de décision.

Importez les articles parvenus à la lecture du texte intégral, et chacun dispose d'une page unique réunissant résumé IA, figures, tableaux et texte original. Modifiez le résumé pour y ajouter votre raisonnement d'inclusion ou d'exclusion et les points vérifiés : la décision reste attachée au PDF — fini les « pourquoi ai-je gardé ceci ? ».

Une revue systématique s'étale généralement sur plusieurs mois, voire un an, le plus souvent en parallèle de tout le reste. Votre système de gestion doit survivre aux pauses et aux reprises.

Le plus difficile au moment de reprendre, c'est de se rappeler ce qui a été décidé et où l'on s'était arrêté. Si chaque article porte ses propres notes de décision, la remise en route prend quelques minutes au lieu de plusieurs heures.

Enfin, une évidence qui mérite d'être dite : ne conservez pas vos tableaux de tri et d'extraction dans un fichier unique sur une seule machine personnelle.

Sauvegardez-les sur un lecteur partagé et versionnez-les selon les règles de votre équipe. La trace de ces centaines d'heures de travail est en soi un produit de la recherche.